O'rta Osiyoning eng keksa ilmiy - oqartuv muassasalaridan biri bo'lgan Respublika tabiat muzeyining tashkil topganiga 2006 yil 12 iyulda 130 yil to'ldi. Ilgari "Toshkent muzeyi" nomi bilan atalgan bu muassasa 1876 yilda tabiatshunoslik, antropologiya va etnografiya bilan qiziquvchilar Moskva jamiyati Turkiston bo'limining a'zolari - ilg'or rus olimlari tashabbusi bilan tashkil etilgan edi. Muzey barpo etilgandan beri turli davrlarda bir necha marta qaytadan tuzildi. Ulug' Oktyabr revolutsiyasidan ilgari muzey Turkiston o'lkasining boshqa ilmiy-oqartuv muassasalari kabi chor xukmdorlari tomonidan qo'llab-quvvatlanmay keldi. U ayrim shaxslarning xayr-ehsoni hisobiga tashkil etilgan va bir necha yillar mobaynida mukammallashgan edi.

Mamlakatimizda Sovetlar hokimiyati o'rnatilishi bilan muzey fondlarini to'ldirish qat'iy davlat negizida olib boriladigan bo'ldi. Muzey ishini Turkiston Xalq Universiteti boshqarib bordi. Muzey direktori qilib atoqli zoolog, ajoyib sayyoh N.A.Zarudniy tayinlangan edi. O'sha paytda "Turkiston xalq muzeyi" deb nom olgan muzey, 1919 yil fevral oyida general-gubernatorning qarorgohi hisoblangan "Oq uy"ga ko'chirilgan edi. Turkiston xalq muzeyi 1921 yilda muzey va qadimgi yodgorliklarni saqlash, san'at va tabiat ihslari bo'yicha Qo'mita tasarrufiga o'tkazilib, O'rta Osiyo Bosh muzeyi nomini oldi.

Uning ekspozitsiya va fondlari geologiya, geografiya, zoologiya, etnomologiya, botanika, arxeologiya va numizmatika, antropologiya, etnografiya harbiy-tarixiy va badiiy bo'limlardan iborat bo'lgan.

Keyinchalik harbiy-tarixiy va badiiy bo'limlar yopilib, bu bo'limlarning eksponatlari Badiiy muzey va Revolutsiya muzeyiga berilgan edi. Bosh O'rta Osiyo muzeyiga D.N.Kashkarov, E.P.Korovin, E.M.Masson va L.V.Oshanin kabi yirik olimlar rahbarlik qilganlar.

1930 yilda Tabiat bo'limlari - geologiya, geografiya, botanika, zoologiya va antropologiya, qishloq xo'jalik muzeyi hamda Zoologiya bog'i bilan birga O'rta Osiyo tabiat muzeyi va ishlab chiqarish kuchlari SAMPPS nomini olgan edi.

1935 yil yanvar oyida SAMPPSning tabiat sho''basi O'zbekiston Davlat tabiat muzeyi qilib qayta tuzildi. Ilgari o'lkashunoslik muzeyi sifatida ma'lum bo'gan muzey bu muzey shundan so'ng tabiatshunoslik muzeyi tarzida qayta tashkil etilib, Toshkent shahrining Sog'bon ko'chasidagi 16-uyga joylashtirildi.

Tabiiy-tarixiy fanlarni keng tashviqot qilish maqsadida Yerning paleografiyasi, unda hayotning vujudga kelishi va rivojlanish tarixi hamda evolutsion jarayonning asosiy qonuniyatlari haqida hikoya qiluvchi tarixiy geologiya va umumiy biologiya ekspozitsiyalarining yangi bo'limlari kiritilgan edi. Muzey ekspozitsiyalarida "Paxtakor voha tabiati", "O'zbekiston lalmikorligi", "O'zbekistonning mevali o'simliklari" kabi bo'limlar bilan boyitilgan edi.

Muzey hodimlari tomonidan o'quv-ta'lim sohasida katta ishlar olib borilar edi. 1937 yilda maktab xonasi tashkil etilib, unda muzeyning ilmiy ko'makchi ustaxonalari tomonidan maktab-uslubiyot kollektsiyasi vujudga keltirildi.

1944 yilda O'zbekiston Davlat muzeyi boy ilmiy fondlarni saqlaydigan muassasa sifatida O'zbekiston Fanlar akademiyasining muassasalari tizimiga o'tkazilib, "O'zbekiston Fanlar Akademiyasining "Tabiat muzeyi" nomi bilan atala boshlandi.

Muzeyning O'zbekiston Fanlar Akademiyasi ixtiyoriga o'tishi munosabati bilan uning oldida O'zbekiston hayvonlar va o'simliklar dunyosini o'rganish, uning o'simliklari va boshqa resurslaridan xo'jalikda foydalanish bo'yicha ilmiy tekshirish ishlariga to'la kirishish vazifasi turardi. Shu munosabat bilan muzey ilmiy hodimlarining bir qismi fundamental ilmiy muammolar bilan shug'ullanishga jalb etildi.

1960 yilning may oyida O'zbekiston Fanlar Akademiyasining biologiya bo'limi muzeyning O'zbekiston tabiati haqidagi ekspozitsiyalarni ko'rsatishning ilgor landshaft uslubiyoti asosida qayta jihozlashning istiqbolli rejasini tasdiqladi. Sababi muzeydagi ayrim qotirilgan hayvonlar, o'simlik gerbariylari va ba'zi bioguruhlardan iborat bo'lgan tabiat haqidagi eski ekspozitsiyalar to'liq ko'rgazma majmuasini tashkil etmas, bu esa muuzeyga keluvchilarda o'lka landshaftlari haqida to'la tushuncha hosil qilmas edi.

Besh yil mobaynida muzeyning ilmiy hodimlari rassomlar bilan hamkorlikda respublikamiz tabiatini to'la aks ettiruvchi yangi ekspozitsiyani yaratdilar. Ilmiy va badiiy jihatdan yuksak darajada bajarilgan katta diorammalarda O'zbekistondagi qum dashtlar, to'qayzorlar, tog' etaklari, turli xil o'tli dashtlar, tog'larning mevali daraxt o'rmonlari, archazorlar, baland tog'lar landshaftlarining tabiati yaqqol aks ettirilgan. Muzey diorammalarini vujudga keltirish uchun alohida tumanlarga ekspeditsiyalar uyushtirdi. U yerlarda ilmiy hodimlar tabiiy materiallar to'plash bilan shug'ullangan bo'lsalar, rassomlar etyudlar chizdilar.

Ana shu maqsadlarda 1960 yildan to 1966 yilgacha Qizilqum, Amudaryo va Sirdaryo to'qayzorlari, Turkiston tizma tog'lari etaklari, Farg'ona va Piskent tizma tog'larining mevali daraxt o'rmonlari, Turkiston va Chotqol tizma tog'larining baland tog'lari va boshqa timanlarga ilmiy sayohatlar uyushtirildi.

Muzey 1963 yilda O'zbekiston Fanlar Akademiyasi tizimidan chiqarilib, O'zbekiston Madaniyat ishlari Vazirligi ixtiyoriga o'tkazildi. Shu davrdan boshlab muzey ilmiy hodimlarining asosiy diqqat etibori ilmiy oqartuv va madaniy-ommaviy faoliyatini kuchaytirishga qaratildi.

Shaharning turli korxona va muassasalarida ilmiy hodimlar tomonidan o'qilayotgan ma'ruzalarning soni ancha ortdi; muzeyning o'quvchilar bilan olib borayotgan turli otaliq ishlari ko'paydi.

Amalga oshirilayotgan ishlardagi muvaffaqiyatlari uchun muzey bir necha bor Davlat tomonidan munosib taqdirlangan. 1967 yilda o'tkazilgan muzeylar ko'rigida Tabiat muzeyi birinchi o'rinni egalladi va muzeyga "O'zbekistondagi eng yashi muzey" unvoni berildi.

Muzeyga keluvchilarning soni tobora ortib bormoqda. Muzey ko’rgazmalarini Toshkent shahridagi va barcha viloyatlardagi maktab o’quvchilari, talabalar, chet ellik ko’plab sayyo’xlar kelib ko’rmoqdalar.